Templomunk története egészen a XIV. századig nyúlik vissza. A kalocsai érsekség irattárában lévő feljegyzések alapján két plébánia is működött, az egyiknek Máté, a másiknak Bodor volt a plébánosa. 1423-ban Tamás és Imre állnak a plébániák élén. Az 1458. évi bajai plébános neve: Bajai Miklós.

A plébániák a lakósság kizárólagos magyar voltára való tekintettel magyar plébániák voltak. Egyúttal azonban Baján már a XIII. században kolostoruk volt a lazább rendtartású ferencrendieknek is. 1441-ben már bajai születésű szerzetes P. János áll a rendház élén.

A XVI. század elején szigorúbb rendszabályú szerzetesek vették át a kolostort, mely a török háború idején elpusztult, a templom falai azonban épségben maradtak, melyből a török mecsetet csinált.A szerzetesek elmenekültek, de később visszatérve a városban rejtőzködtek és a hívők lelki szükségletét ellátták. 1687-ben, mikor a bevándorolt bunyevácokkal nagyobbszámú ferencrendi is bejött, rőzséből rendházat építettek és a mecsetet átalakították templommá. Sokáig azonban nem élvezhették ferences atyák a békességet, mert a Rákóczy-féle mozgalom alatt a templom is, a zárda is rommá lett.

1711-ben a bujdosó szerzetesek visszatérve, újból felépítették rendházukat és 1717-ben a leégett templomot is tető alá hozták. A Ferenciek a mai zárda épületéhez 1722-ben tették le az alapkövet. A templom szentélye 1732-34 - ig épült, míg a templom hajójára pénzhiány miatt csak 1756-ban került sor. Szószéke 1771-ben készült, orgonája 1777-ben, gyönyörűen faragott kóruspadjai 1772-ben. Burkolásával az építkezés csak 1796-ban nyert teljes befejezést. A templom alatt kettős kripta van. Az egyik a szentéllyel együtt épült, a másik 1778-ban.